A perspectiva teórica que enforma a actividade do MAEDS defende para a instituição museológica um protagonismo não só no plano cultural, mas também no desenvolvimento económico-social regional. Vários programas de mobilização dos bens culturais de carácter material e imaterial, enquanto recursos económicos, têm sido considerados com sucesso, importando implementar esta linha de acção. O museu é aqui entendido como um espaço de liberdade, incentivador da criação, amplamente aberto à sociedade civil, onde a produção e consumo culturais devem ser estimulados.
O Museu de Arqueologia e Etnografia do Distrito de Setúbal foi fundado em Dezembro de 1974, pela Junta Distrital de Setúbal, no quadro da democratização do país, iniciada com a Revolução de 25 de Abril, do mesmo ano. Abriu ao público em 1976.
O desenvolvimento da investigação arqueológica levou à criação do Centro de Estudos Arqueológicos.
Edita uma revista da especialidade, Setúbal Arqueológica, e co-edita a revista Musa. Museus, Arqueologia e Outros Patrimónios, além de outras obras e catálogos de exposições. Possui uma biblioteca especializada com cerca de 10 000 volumes.
Mantém em funcionamento um Serviço Educativo e de Animação Cultural.
O Museu possui um valioso acervo representativo do Distrito de Setúbal no domínio arqueológico:

Colecções pré-históricas (Paleolítico inferior e médio, Epipaleolítico, Mesolítico, Neolítico, Calcolítico, Idades do Bronze e do Ferro); romanas e pós-romanas.

Colecções de etnografia: artefactos relativos às actividades tradicionais de pesca, recolecção, salicultura, criação de gado, agricultura, construção naval, fiação e tecelagem, arte popular e artesanato rural e urbano.