Estrutura de investigação arqueo-lógica, com uma equipa perma-nente, cuja actividade se reparte pelo domínio da aplicação - actuando em situações de emer-gência e salvamento segundo a óptica da compatibilização do de-senvolvimento urbano-industrial com a defesa do património - e pela área da pesquisa fundamental, orientada pelos projectos de longo termo desenvolvidos, regra geral, de parceria com instituições congéneres: "A transição das comunidades mesolíticas para as primeiras sociedades agrícolas/processo de neolitização na costa sudoeste portuguesa"; Calcolítico do Sul de Portugal; Feitoria fenícia de Abul e as rotas comerciais fenícias no Atlântico; Produção de preparados piscícolas na Época Romana, na costa sudoeste portuguesa; Preexistências da cidade de Setúbal.

O MAEDS organizou e/ou co-participou em mais de uma centena de escavações arqueológicas.